Vieles im heutigen Erscheinungsbild der Kirche St. Johannis weist zurück an den Anfang des 13. Jahrhunderts. Die Form der Feldstein-Saalkirche mit eingezogenem Kastenchor findet sich häufig bei spätromanischen Dorfkirchen Holsteins. Auch wenn bei Grabungen im Innenraum im Rahmen der Renovierung 2001 keinerlei Hinweise auf ein Vorläuferbauwerk gefunden wurden, ist der zunächst erbaute Chor möglicherweise mit der in einer Urkunde von 1220 erwähnten Kapelle identisch.
Die Anordnung der Fenster im Chor lässt darauf schließen, dass dieser von Anfang an eingewölbt werden sollte. Das heute vorhandene gotische achtrippige Gewölbe wurde jedoch erst gegen Ende des 13. Jahrhunderts eingezogen. Vorher war bereits das Kirchenschiff in Backsteinbauweise verlängert worden, vielleicht im Zusammenhang mit der Erhebung von der Kapelle zur Kirche. Die Wände des Schiffes wurden im Laufe der Jahrhunderte mehrfach umgestaltet, aber die ehemaligen Rundbogenfenster und das Nordportal zeichnen sich noch deutlich im Mauerwerk ab. Ein altes, zugemauertes Westportal wird heute vom Kirchturm verdeckt.
Der Namenspatron der Brügger Kirche ist Johannes der Täufer, der als Beschützer und Namensgeber von Kirchen, Altären und religiösen Gemeinschaften (z.B. dem Johanniter-Orden) überaus beliebt war. In der katholischen Kirche wird er noch heute als Schutzheiliger verehrt.
Im Heiligenkalender sind ihm zwei Tage zugedacht: der 24. Juni (Geburtsfest) und der 29. August (Fest der Enthauptung). Am Geburtstag feiert die Kirchengemeinde seit vielen Jahren ein Gemeindefest. Auch der Fleitenmarkt, ein kleiner Jahrmarkt, wird seit Jahrhunderten in Brügge um den Johannistag abgehalten und erinnert an Johannes den Täufer. Die Lebensgeschichte Johannes des Täufers und die Umstände seines gewaltsamen Todes haben vielen Künstlern als Motiv gedient. Auch in der Brügger Kirche ist er dreimal dargestellt: an der linken Chorwand, am Geländer der Kanzeltreppe und im Tympanon des Südportals.
Das bedeutendste Ausstattungsstück der Kirche ist der ungewöhnliche Baldachin-Altar. Seine bewegte Geschichte reicht bis ins 16. Jahrhundert zurück, als Hans Brüggemann für die Bordesholmer Chorherren seinen berühmten Altar schuf. Damals bestellte die Brügger Kirchengemeinde bei der Werkstatt des Meisters einen neuen Altaraufsatz. Dieses als "Kleiner Brüggemann-Altar" bezeichnete Retabel bestand aus einer geschnitzten Kreuzigungsszene, eingefasst von einer Predella, einer eichenen Rückwand und einem Baldachin.
1666 wurde der Bordesholmer Altar aus dem längst säkularisierten Kloster in den Schleswiger Dom überführt. Der Amtmann Hans Heinrich Kielmann von Kielmannseck stiftete 1672 der Brügger Kirche einen neuen Altaraufsatz und ließ das hiesige Brüggemann-Schnitzwerk in der Bordesholmer Klosterkirche aufstellen. Auch dort fand es keine bleibende Heimat; heute kann es im Schloss Gottorf besichtigt werden. Der von Kielmannseck gestiftete Altar wurde unter Verwendung der bereits vorhandenen Teile der Predella, der Rückwand und des Baldachins sowie aus einem ausgemusterten Seitenaltar der Bordesholmer Klosterkirche hergestellt.
Der Stifter ließ das Triptychon von einem unbekannten Künstler im barocken Stil neu bemalen. Es zeigt auf der Mitteltafel die Kreuzigung, auf dem rechten Flügel Verkündigung (unten) und Auferstehung (oben), auf dem linken Flügel Christi Geburt (unten) und Himmelfahrt (oben).
Auch der Baldachin wurde neu gestaltet. Inschriften und die Wappen von v. Kielmannseck und seiner Frau Mette, geb. v. d. Wisch, weisen auf die Stifter. Im Zuge der Renovierung um 1960 wurden Baldachin, Predella und Rückwand an das Landesmuseum ausgeliehen. Allein das Triptychon verblieb in Brügge und diente als Altarbild. Nach der Rückkehr der Leihgaben wurde der Baldachin-Altar in seiner heutigen Form fertiggestellt und 1985 neu geweiht.
Der 42 Meter hohe Kirchturm mit Achteckhelm ist nach dem eigentlichen Kirchengebäude das zweitälteste Bauwerk Brügges. Eine Zeitbestimmung durch die Jahresringe der mächtigen Eichenständer ergab, dass die Bäume in den Wintern 1630/31 sowie 1631/32 gefällt und wohl gleich bearbeitet und verbaut wurden. Auch eine Schriftquelle von 1630/31 besagt, dass die Kirchengemeinde zum Neubau des verfallenen alten Turms 40 Eichen aus den landesherrlichen Forsten erhielt. Wohl wegen der Wirren des Dreißigjährigen Krieges errichtete man den Glockenstuhl erst 1649, so dass der Turm mehrere Jahre ohne Glocken gestanden haben wird.
Seit dem Baubeginn wurden wiederholt kleinere und größeren Reparaturen vorgenommen. Z.B. musste schon 1751 das Dach mit 6000 Holzschindeln völlig neu gedeckt werden und 1855 erhielt es einen dreifachen Anstrich mit Zinkweiß, so dass es weithin geleuchtet haben muss. Die letzte umfangreichere Restaurierung des Kirchturms, bei der auch sein Alter bestimmt wurde, fand 1995 statt.
Die älteste hat Lorenz Strahlborn, einer der bekanntesten Glockengießer Lübecks, 1730 gegossen. Auch in Bordesholm, Bothkamp, Flintbek und Preetz befinden sich einige seiner Werke. Stifter der hiesigen Strahlborn-Glocke waren der damalige Kirchenvorstand nebst Küster Lucas und Pastor Owmann. Außer den Stifter- und dem Gießernamen sowie den Inschriften Soli Deo Gloria (Allein Gott die Ehre) und Gloria in Excelsis (Ehre sei Gott in der Höhe) zieren sie ein Kruzifix und dekorative Elemente des frühen Rokoko. Die beiden anderen Glocken sind wesentlich jünger. Die eine stiftete 1962 der Brügge familiär verbundene Dr. Wilhelm Sievers aus Kiel, die andere Glocke wurde am Erntedanksonntag 2005 neu geweiht.
Dieser Neuguss wurde nötig, weil die Vorgängerin der neuen Glocke, eine Stahlglocke, im Jahr 1920 wiederum ihre im Ersten Weltkrieg eingeschmolzene Vorgängerin ersetzte. Die Stahlglocke von 1920 war jedoch durch Glockenschlag und Korrosion stark geschädigt. Ermöglicht durch eine Spendenaktion erklingt seit dem Erntedankfest 2005 die neue Bronzeglocke als dauerhafter Ersatz. Viele einzelne Spender und ein anonymer Großspender haben dazu beigetragen.
Ab 2001 wurde die Kirche grundlegend saniert: das Dach wurde neu eingedeckt und die Regenwasser-Entwässerung erneuert.
Die Feldstein-Außenmauern, deren Verfugung starke Schäden aufwies, wurden neu verfugt, ein Traufpflaster wurde rings um die Außenmauern verlegt. Der Innenraum präsentiert sich in völlig neuer Gestaltung: der bisherige Boden aus Sandstein, der an vielen Stellen beschädigt war und über den alten Gräbern im Kirchenraum eingesunken war, wurde durch einen offenporigen Klinkerboden ersetzt. Der Altarraum, der zuvor eine Stufe höher gelegen war, ist nun barrierefrei erreichbar. Wände, Bänke und Orgelempore wurden mit einem neuen Anstrich versehen, wobei der Farbraum des Wandgemäldes von Carl Lambertz aufgegriffen wurde. Daneben wurde die Elektroinstallation erneuert, ebenso die Lautsprecheranlage, die zudem um eine Hörhilfe für Hörgeschädigte erweitert wurde.