Im Laufe des 5. nachchristlichen Jahrhunderts verließen große Teile der nordelbischen Sachsen im Zuge der Völkerwanderung ihre angestammte Heimat. Um 500 war das Obereidergebiet zwischen Neumünster und Kiel schließlich menschenleer. Dieser Raum wurde erst im Zuge der mittelalterlichen Kolonisation zwischen etwa 1150 und 1250 neu besiedelt. Eines der neu gegründeten Dörfer war Brügge, benannt nach einer Brücke über die hier noch schmale Eider.
An dieser Eiderbrücke wurde bald nach 1200 auf einem zum Fluss steil abfallenden Hügel eine Kapelle errichtet. Diese Kapelle, urkundlich für das Jahr 1215 erwähnt, ist Keimzelle der heutigen Kirche St. Johannis und der Kirchengemeinde Brügge.johannis_winter_hZunächst wurden die Kolonisationsdörfer des Obereidergebietes kirchlich von Neumünster und z. T. von Nortorf aus betreut. Mit der um 1150 einsetzenden Besiedlung dehnte sich das Urkirchspiel Neumünster immer weiter aus; wegen seiner Größe und der ständig wachsenden Bevölkerungszahl durch weitere Dorfgründungen wurde es schließlich um 1240 geteilt. Es entstanden im nördlichen Teil des Mutterkirchspiels Neumünster die selbständigen Pfarreien Brügge, Flintbek (bald nach 1238) und Kiel (urkundlich nachweisbar ab 1242).
Die erste noch im Original erhaltene urkundliche Erwähnung eines eigenständigen Kirchspiels Brügge ist datiert auf das Jahr 1238. In einer Urkunde bestätigt Erzbischof Gerhard II. einen Vertrag zwischen Graf Adolf und dem Stift Neumünster über die Abgaben der Kirchspiele Brügge und Neumünster. Damit ist Brügge eine der ältesten urkundlich erwähnten Kirchengemeinden in Schleswig-Holstein.
Das Kirchspiel war in den Anfängen bedeutend größer als heute und sollte ca. 500 Jahre unverändert bleiben, bis der Landesherr Herzog Karl Friedrich von Holstein-Gottorf im Jahr 1736 die Einrichtung eines Kirchspiels Bordesholm - und damit die Teilung des Kirchspiels Brügge - anordnete.
Diese Trennung wurde 1965 wieder rückgängig gemacht. In der öffentlichen Verwaltung wurden in dieser Zeit größere Einheiten geschaffen, von denen eine effizientere Arbeit vermutet wurde. Die neue Kirchengemeinde Bordesholm-Brügge gliederte sich in die drei Seelsorgebezirke
Klosterkirche für das westliche Bordesholm,Bordesholm-Mitte mit der neu erbauten Christuskirche undSt. Johannis Brügge mit den Umlandgemeinden.Um der gemeindlichen Wirklichkeit dieser Bezirke besser zu entsprechen, wurden die Seelsorgebezirke auf einhelligen Wunsch der Pastoren im Jahr 1985 formal eigenständige Gemeinden, jedoch organisatorisch zu einem Kirchengemeinde-Verband Bordesholm-Brügge zusammengefasst.
Heute ist die Kirchengemeinde Brügge eigenständige Gemeinde im Kirchenkreis Altholstein, der ehemalige Kirchengemeindeverband lebt jedoch in einer guten Zusammenarbeit der drei Kirchengemeinden in Bordesholm und Brügge weiter. Die Kirche St. Johannis ist heute seelsorgerisches Zentrum nicht nur für das Kirchspieldorf, sondern auch für die Umlandgemeinden Bissee, Groß Buchwald, Negenharrie, Reesdorf, Techelsdorf und einen Teil Wattenbeks.
Und auch in der Zukunft wird sich die Kirchengemeinde St. Johannis immer wieder in andere Strukturen einzugliedern haben: die seit Jahren sinkenden Kirchensteuereinnahmen zwangen die Nordkirche, in einem weitreichenden Reformprozess die inneren Strukturen neu zu gliedern, u.a. indem die Anzahl der Kirchenkreise verringert wurde. Langfristig wird in der Nordkirche auch auf Gemeindeebene wohl nicht mehr an jedem Standort ein vollständiges kirchliches Angebot aufrechterhalten werden können, sondern die Kirchengemeinden werden noch stärker zusammenarbeiten als bisher. Die Geschichte wird sich also fortsetzen, und auch späteren Chronisten bleibt noch etwas zu berichten
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